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数据、算法、好基友:智能算法如何突破医药研发

本文作者:AI科技评论 2016-05-10 10:24
导语:两位同名、同姓、志同道合的创始人,除了有一家奇葩的医药公司,还有一个奇葩的相遇故事。

数据、算法、好基友:智能算法如何突破医药研发 Andre M. Radin(左)和Andrew A. Radin(右),同名同姓的巧合让他们走到了一起。图片:AndrewRadin.com

医药研究员多年来一直使用计算机帮助他们开发新药,例如用来建立分子模型或分析医疗记录。这让研究员们可以提出药物治疗的新想法,有时候,一下子就有几千个新想法。研究员然后制造并测试药物——现在培养皿,然后用动物,然后,如果药物试验结果一路都不错,就在人类身上测试。这个过程有可能得花十年时间、甚至更久,同时花费数十亿美元,这意味着要治疗癌症、糖尿病和帕金森,依然是路漫漫其修远。

位于美国加州Palo Alto的创业公司twoXAR希望通过让智能算法来测试海量的备选药物,来缩短这条漫长之路。公司创始人的背景是计算机科学,而非医药研究,他们说自己有得天独厚的能力来实现人工智能药物。

“我们来看看汽车行业,”twoXAR创始人及CEO Andrew Radin说,“如果你叫一个汽车工程师来让汽车变得更安全,他会提出安装安全第一、气囊、防锁刹车等等装置。但是如果你让软件工程师来干,他会说‘我们把司机换掉吧’。无人车并不是GM或者福特公司最早提出的。

“计算机可以实现很多,”twoXAR联合创始人及公司首席商务官Adnrew Radin说,“但是他们通常是为研究员的工作带来补充。在进行药物研发的人们是生命科学家、化学家、分子生物学家;他们建造分子模型,然后决定测试哪些模型,而不是让计算机来处理数据然后决定哪些模型可以进一步研究。”

眼尖的你也许已经注意到了上文的奇怪之处,提示:就在两位公司创始人的职位介绍旁边。没有打错字哦,两位创始人就是同名同姓:都叫Andrew Radin。实际上公司名字twoXAR的意思就是“Andrew Radin乘以二”。两位Andrew:CEO Andrew A. Radin和CBO Andrew M. Radin——互相认识的方式也像他们的药物开发新方法一样奇葩。

数据、算法、好基友:智能算法如何突破医药研发

图片来源:IEEE Spectrum

同名同姓的巧合

十年前,Andrew A.收购了网络域名AndrewRadin.com。2008年,Andrew A.收到了一位名叫Andrew M的陌生人的邮件,希望收购该域名。“我说不,泥奏凯,然后他一直说你不用的话就卖给我嘛。我最后不得不简单粗暴地甩掉他。”

当时,Andrew A.已经从罗切斯特理工学院获得了计算机科学本科和硕士学位,已经在硅谷住了一段时间,在创业公司工作,同时也建立自己的创业项目。Andrew M从加州大学圣地亚哥分校获得了生物化学和细胞生物学的本科学位,同时也有一个经济学双学位,他当时在投资银行工作,正考虑攻读MBA。

大约一年后,Andrew M.想恶搞一下,在Facebook上建立了一个Andrew Radin粉丝群;全国有几位Andrew Radin都加了群,Andrew A.也是其中之一。因此两位同名同姓的人在社交媒体上又相遇了,虽然Andrew A.一直将Andrew M.视作想买下自己域名的“坏银”。

2010年,Andrew A.在中国旅游了一个月,在Facebook上发了个图。他回国几个月后,Andrew M.去中国学习了六个月中文,在Facebook上给他发了消息问能不能给他一些在中国旅游的建议。结果,两人在电话上聊了几个小时。Andrew A.回忆说:”就是那时候他在我脑海里的印象改变了,不是个‘坏银’。“

两位主角的下一次对话是3年后。Andrew A.在斯坦福攻读生物信息学,而Andew M.是MIT的研究生。

“我的一个MIT同学要去硅谷做一次学习访问,”Andrew M.说,“所以我联系了Andrew A.,请他坐下聊聊他的创业经历;这是我们第一次面对面见面。”

从此,两位Andrew成为了好朋友。而twoXAR的成立则是另一则故事。

Andrew A.在Nortel Networks和America Online分别参与了软件开发工作,但后来加入了硅谷的创业大军,从2004年到2013年,他在“各种不同行业”创业公司作为CTO,据他回忆其中包括了“打电话的、做电子游戏的、做广告的还有做地图的。“没有一家是独角兽公司,"虽然地图公司Locationary被苹果收购,此次收购让他获得了足够的经济收益,可以一段时间不用工作。

2013年的时候,他不再想参与技术上挺有趣、但是产品不够震撼力的项目,而是想做一些有意义的事情。最初,他考虑了流浪汉的问题,但是他的妻子鼓励他做些别的,“让你的技能可以发挥影响的事情。“他最终选择了生物化学信息学,也就是,利用计算机科学来解决医学问题。他感觉自己需要回到学校来学习更多关于该领域的知识,他参与了斯坦福的项目。

与此同时,比Andew A.小13岁的Andrew M.一直心里痒痒想要创业。他说:”我的目标一直是开一家生物科技公司。我在高中的时候在做遗传工程,选择了加州大学圣迭戈分校是因为学校诞生了很多生物科技创业公司;我主修了生物化学和经济学。”Andrew M的第一份工作是一家专注在科技投资领域的银行;然后他加入了MIT斯隆商学院攻读研究生,注重创业领域。

因此,2014年两位Andrew又多了一个共同点:他们都在读研究生。

数据、算法、好基友:智能算法如何突破医药研发

图片来源:AndrewRadin.com

写论文,还是写专利?

在斯坦福,Andrew A上了一门课BMI217,作业是提出一个可以用计算机解决的医学问题。他想出了一种方法,利用数据科学来发现新药。最终,这个想法演变成一算法,用来整合、分析各个独立的生物医学数据库,来预测什么药物最可能在某种疾病疗法的测试中成功。数据库包括但不限于医疗记录搜索(分析使用某种疾病的人的医疗记录,来看是否有某种别的疾病水平异常低,意味着治疗有效)、分子相似度模型(关注已经在使用中的药物,试图发现其他具有类似结构的物质)以及基因表达信息(研究某种基因特征,将其与已知分子进行匹配)。

它其实是一种工具,可以在巨大的、独立的数据库之间比较联系,从噪音中分离出信号。”他说。该技术可以结合不限数量的公开及专利数据库,将某种药物质量某种疾病的成功率进行排名。

最初,他只打算简简单单写篇论文。然后他与V. Paul Lee一起吃午饭,lee是Electronic Arts的前总裁,曾在Andrew A的一些创业项目中投资。“Paul用‘你个蠢货’的眼神看着我并说:‘如果你写个论文,结果什么也不会实现不了;如果你想实现点什么,你不该写论文,而是写个专利申请,然后建立一家公司。”

因此,他就花了几个月琢磨这个问题:写论文还是写专利?他与Andrew M.在电话聊天,考虑了自己困境,咨询Andrew M基于该技术能不能建造一家公司。Andrew A回忆道:“他告诉我来波士顿,和MIT的教授们讨论一下。”他在2014年6月真的去了。

教授们帮两位Andrew看清了道路,这的确可以成为一个商业机会。他们在MIT的某次查尔士河泛舟活动上,最终决定了创立twoXAR公司。7月,Andrew M搬来了硅谷——暂时与Andrew A夫妇住在一起。

如今,twoXAR有了10名员工、430万风险投资和一间棒棒的办公室。他们还在招聘,希望到年底增加几位数据科学与生物信息科学的关键员工。

公司在研究院和生物医药公司利用现有药物测试了他们的预测算法,用算法处理数据库,看看算法得出的优选药物名单中是否有这些现有的药物。目前,他们已经用超过40种疾病进行了评估,包括癌症、自动免疫疾病和神经紊乱疾病。基于这些测试,他们为最初的工作定下四个领域,公司还未对外公布。在这些领域内,他们已经进行了药物预测,开始在动物中测试化合物。此刻,两位Andrew还没计划将算法卖给医药公司;他们认为,医药公司的内部文化已经根深蒂固,对于利用计算机算法来驱动决策会保持怀疑态度。他们努力打造自己的药物产品线,通常与研究机构一起合作。

他们称公司已经与学术界和商业机构签订了一些合作项目,但是只有一项目前是公开的。twoXAR上个月宣布与斯坦福大学医学院的皮肤病系合作,识别针对淋巴系统疾病、单纯型大疱性表皮松解(EBS)和其他罕见疾病的药物。

Andew A说,现在“有很好的机会,来为疾病找到更加精确的药物,无论是流行疾病还是罕见疾病,有可能现有治疗方法不够有效,或者现在尚未有治疗方法。目前,药物研发还是违反摩尔定律的——要发现新药从算法上来说越来越难,成本越来越高。

TwoXAR想要改变这一局面。

如果你还记得N年以前关于在线域名的那档子事——两个Andrew有了一个共同网站:AndrewRadin.com。

via IEEE Spectrum

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